继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：蜷川美穗 安东尼·哈里森 Diego Martinez-Tau 布莱恩·奔本 西娅·吉尔 伊斯拉·戈登 杰西卡·朗德斯 诺曼·瑞杜斯 亨利·托马斯 布丽·特纳 斯蒂文·韦伯 斯蒂夫·巴西奇 费尔鲁扎·鲍克 克里斯·鲍尔 比利·德拉戈 肖恩·派特里克·弗兰纳里 泰伦·莱斯托 米特·洛夫 罗莉·佩蒂 杰森·普雷斯利 琳赛·普尔斯菲 阿尔杰·史密斯 卡特琳·瓦克斯 乔治·温迪特 朱莉娅·本森 Caroline Carter 丹尼尔·吉里斯 伊利斯·莱韦斯克 Brent Sheppard 格内维夫·布彻纳 柯林·
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演员：卡尔·厄本 杰克·奎德 安东尼·斯塔尔 艾琳·莫里亚蒂 杰西·厄舍 拉兹·阿隆索 蔡斯·克劳福德 托默·卡蓬 凯伦·福原 内森·米切尔 蔻碧·米纳菲 卡梅隆·克罗维蒂 苏珊·海沃德 瓦莱瑞·卡瑞 杰弗里·迪恩·摩根 詹森·阿克斯 戴维德·迪格斯 梅森·戴伊 贾德·帕达里克 米沙·克林斯
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