继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：赞达亚 亨特·莎弗 埃里克·迪恩 雅各布·艾洛蒂 西德尼·斯维尼 亚历克萨·德米 茉德·阿帕图 玛莎·凯莉 科洛伊·切蕊 阿德沃尔·阿吉纽依-艾格拜吉 托比·华莱士 科尔曼·多明戈 多米尼克·菲克 妮卡·金 阿兰娜·乌巴赫 索菲亚·罗斯·威尔逊 梅尔文·博内兹·埃斯蒂斯 达格·费尔格 保拉·马绍尔 扎克·斯坦纳 Marsha Gambles 莎朗·斯通 罗莎莉亚 丹妮尔·戴德怀勒 马歇尔·林奇 安娜·范·帕滕 安萨特·布莱克 贝拉·波达拉斯 卡丹·哈迪森
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