继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：卡尔·厄本 杰克·奎德 安东尼·斯塔尔 艾琳·莫里亚蒂 杰弗里·迪恩·摩根 多米妮克·麦克艾丽戈特 杰西·厄舍 拉兹·阿隆索 切斯·克劳福 托默·卡蓬 凯伦·福原 内森·米切尔 蔻碧·米纳菲 克劳迪娅·多米特 詹森·阿克斯 劳瑞·侯登 凯蒂娅·温特 卡梅伦·克罗维蒂 安·库萨克 杰克·杜兰 克莉丝汀·布丝 贾斯汀·戴维斯 尼克·维切斯勒 迈尔斯·加斯顿·维拉努瓦 凯蒂·布赖尔 克里斯蒂安·凯耶斯 马尔科姆·巴雷特 乔丹娜·拉茹瓦 莎拉·斯维尔 大卫·瑞勒 玛雅·米沙里维克 瑞恩·布雷克利 莱拉·罗宾斯 盖
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演员：埃迪·雷德梅恩 拉什纳·林奇 乌苏拉·科尔维罗 楚克武迪·武吉 莉娅·威廉姆斯 本·霍尔 尼克·布拉德 理查德·多默 赫立德·阿卜杜拉 埃莉诺·松浦 查尔斯·丹斯 萨勒·利米 弗洛丽莎·卡马拉 凯特·迪基 凯瑟琳·德夫林 乔恩·艾瑞亚斯 亚当·詹姆斯 杰拉德·基恩斯 埃迪·埃尔克斯 亚当·朗 克里·约翰逊 卢卡斯·英格兰德 丽萨·霍弗 威布克·弗罗斯特 克里斯蒂·梅尔 Adoney Díaz Barajas Saúl Díaz Barajas 帕特里克·肯尼迪 马丁·麦克杜格尔 普奇·拉加德
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